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5.2.4 Einteilung der Peptide

  • Oligopeptide < 10 Aminosäurebausteine (Di-, Tri-, Tetrapeptide usw.)
  • Polypeptide zwischen 10 und 100 Aminosäurebausteine
  • Proteine > 100 -Aminosäuren + biologische Funktion

5.2.5 Aminosäursequenz (Reihenfolge der AS)

Die Peptidsynthese wird schwierig, wenn man eine bestimmte Reihenfolge der AS erhalten möchte.
Beispiel: Dipeptid aus zwei Aminosäuren

Glycin: H₂N-CH₂-COOH abgekürzt Gly

Alanin: abgekürzt Ala

05-02-05-ta-alanin

05-02--05-ta-moeglichkeiten-der-peptidverknuepfung


Es können entstehen:
a) Ala - Ala
b) Ala - Gly 
c) Gly - Gly
d) Gly - Ala

5.2.5.1 Benennung

Systematischer Name: AS mit Carboxylgruppe geht in Peptidbindung ein ⇨ ~yl

Glycylalanin Gly-Ala
Alanylglycin Ala-Gly

 

5.2.5.2 Ermittlung der Aminosäuresequenz

Zur Bestimmung welche Aminosäuren sind enthalten:

  1. Vollständige Zerlegung durch saure Hydrolyse
  2. Chromatische Trennung (AS-analysator) → Art und Anzahl der AS

Bestimmung der AS-Sequenz
Verfahren N-Terminale AS (Bsp.: Edman-Abbau)

a) Aminogruppe reagiert mit Phenylisothiocyanat

05-02-05-02-ta-ermittlung-der-as-sequenz-01

b) AS kann abgespalten werden

05-02-05-02-ta-ermittlung-der-as-sequenz-02


c) Chromatographie

Teilchen haften an der Oberfläche eines Feststoffes (⇨ große Oberfläche gewünscht: Aktivkohle, Papier, Aluminiumoxid)
Wirkende Kräfte: vdW-Kräfte, DDW, H-Brücken, Ionenbindungen (exotherm)
Stationäre Phase: Feststoff
Mobile Phase: Lösung

 

Einige gelösten Stoffe bleiben mehr an der Oberfläche haften und werden dadurch zurückgehalten (Retention). 
Weniger stark adsorbierte Stoffe werden mit der Flüssigkeit schneller mitgeschleppt.

⇨ Wandern, adsorbieren und lösen wiederholen sich vielfach.

 

 

 

Verfahren C-Terminale AS: Mit Hilfe eines Enzyms (Carboxypeptidase)

⇨ Lange Peptidketten: enzymatische Fragmentierung

Enzyme (Proteasen), die nur an ganz bestimmten Stellen Protein spalten.

Beispiele für solche Enzyme: 

Trypsin: Spaltung von Peptidbindung deren Carbonylbindungen von Lysin oder Arginin stammen.
Chymotrypsin: Spaltung Carbonylbindung von Phenylalanin, Typtophan, Tyrosin
Pepsin: ….

⇨ Proteine durch parallele Fragmentierung mit Hilfe unterschiedlichen Enzymen⇨ Bruchstücke überlappen sich teilweise ⇨ Ermittlung aller Sequenzen.